2018. február 21-én este Miroslav Marček bekopogtatott Ján Kuciak és Martina Kušnírová nagymácsédi házának ajtaján, és mindkettejüket agyonlőtte. Az eredeti célpont az oknyomozó újságíró volt, viszont Marček vallomásából kiderült, hogy a gyilkosság során nem takarta el az arcát, és mivel Martina megláthatta, nem akart szemtanúkat hátra hagyni. Kuciak akkoriban súlyos gazdasági botrányok felderítésén dolgozott, amelyek befolyásos nagyvállalkozókat és politikusokat egyaránt érintettek.

Marček bevallotta, hogy bérgyilkosság történt, ám állítása szerint a valódi megrendelő kilétét nem ismerte. A gyilkossággal kapcsolatban Andruskó Zoltán kereste meg, tőle kapta az információkat és a fotókat a fiatal párról. Mint kiderült, a fényképeket egy nagyszabású megfigyelési akció alatt készítették, amely során több oknyomozó újságírót is követtek, és megpróbáltak kompromittáló információkat gyűjteni róluk. Az akciót Peter Tóth, korábbi újságíró és SIS-ügynök szervezte meg, aki saját bevallása szerint közelebbi kapcsolatban állt Marián Kočnerrel.

Marček nem egyedül hajtotta végre a gyilkosságot, elmondása szerint az unokatestvére, Szabó Tamás is besegített – ő volt a bérgyilkos sofőrje. Marčekkel ellentétben viszont Szabó nem működött együtt a hatóságokkal, nem is ismerte el bűnösségét. Ennek ellenére mindkettőjüket 25 évnyi szabadságvesztésre ítélte a Specializált Büntetőbíróság (ŠTS). Andruskó Zoltán, aki már a kezdetektől együttműködött, 15 éves börtönbüntetést kapott.

A másik két vádlottat, vagyis Kočnert és Alena Zsuzsovát felmentette a bíróság.

Előbbit a gyilkosság megrendelésével, utóbbit az előkészítésben való részvétellel vádolták (ő lehetett a kapocs Kočner és Andruskó közt), de a bírák szerint a közvetlen bizonyítékok láncolata nem volt elég meggyőző ahhoz, hogy bűnösnek kiálthassák ki őket. Az ügyész azonban fellebbezett a döntés ellen, a Legfelsőbb Bíróság pedig visszaadta az ügyet az elsőfokú bíróságnak. 

Az ügy azóta tovább bonyolódott, mivel a bíróság úgy döntött, összevonják egy másik, szintén gyilkossági megrendelésekkel kapcsolatos botránnyal. A vád szerint 2017-ben likvidálni akarták Maroš Žilinka főügyészt, Daniel Lipšic speciális ügyészt és Peter Šufliarsky volt főügyészhelyettest, de ez végül nem sikerült. Ebben az ügyben öt vádlott van, közülük hárman a Kuciak-per szereplői – Zsuzsováról, Kočnerről és Szabóról van szó.

Az ügynek nemcsak büntetőjogi, hanem komoly társadalmi és politikai következményei is lettek. A gyilkosság után pár héttel hatalmas tüntetéshullám söpört végig az országon, melynek következtében Robert Fico miniszterelnök, Robert Kaliňák belügyminiszter és Tibor Gašpar országos rendőrfőkapitány is lemondott. Minden bizonnyal a Smer 2020-as választási vereségében is nagy szerepet játszott a botrány. Ján Kuciak munkáját a kollégái folytatták, legyen szó akár a befejezetlen cikkeinek publiklásáról, akár a róla elnevezett oknyomozó központ létrehozásáról, melynek célja a korrupciós botrányok feltárása.