Hanije hajnali két óra körül vesztette életét, néhány órával azután, hogy egy izraeli vadászgép Libanonban, Bejrút szívében megölte a Hezbollah műveleti központjának vezetőjét.     Az iráni Forradalmi Gárda bejelentette, hogy Hanijét egyik biztonsági őrével együtt ölték meg.     A Hamász közleménye szerint Hanijét egy izraeli támadás ölte meg. A Hamász politikai hivatalának helyettes vezetője, Musza Abu Marzuk kijelentette, hogy „Iszmail Hanije meggyilkolása gyáva tett, amely nem marad válasz nélkül”.

„A Hamász-vezető iráni meggyilkolása súlyos eszkalációt jelent, amely nem éri el céljait. Nyílt háborút vívunk Jeruzsálem felszabadításáért, és készek vagyunk különféle árakat fizetni érte. A Hamász egy intézmény és egy ideológia, mely független bármely vezetőjétől” – tette hozzá.

A Hamász közleménye szerint Hanijét „a teheráni rezidenciáján elkövetett, áruló, cionista rajtaütésben” ölték meg. Az iráni Forradalmi Gárda bejelentette, hogy „kinyomozzuk Hanije halálát, és később közöljük a vizsgálat eredményét”.

A szervezet 62 éves vezetőjét először 2017-ben választották meg a Hamász politikai irányítójának a leköszönő Háled Mesaal helyére, majd 2021 augusztusában újabb négy évre meghosszabbították hivatalában.