Már első fokon is Csernavölgyi nyert: az ügyében eljáró Tatabányai Törvényszék kimondta felmondásának jogellenességét, s ezért 24 millió forint elmaradt munkabért, illetve annak kamatait ítélte oda a volt kórházigazgatónak. Az intézményvezető ugyanakkor sérelemdíjat is követelt (30 millió forintot, szintén kamatostul), azt első fokon nem ítélték meg, így fellebbezett. Másodfokon már nem harminc, hanem 10 millió forint szerepelt a beadványában. A kórház (ebben a perben az intézményt pereli a volt főigazgató) a hatályon kívül helyezéstől kezdve a kisebb összeg megítélésig próbálta csökkenteni a veszteségét.  

A Covid-járvány magyarországi első hullámának elején (2020. március 24-én) a kórházigazgatók e-mailt kaptak a Nemzeti Népegészségügyi Központtól – adatszolgáltatásra szólították fel őket. Ha Covid-19 haláleset történik az intézményükben, azonnal jelenteni kell. A Szent György-kórházban az volt az eljárásrend, hogy az üzenetet az orvosigazgatónak kell továbbítani. A Fejér megyei kórházban 2020. április 4-én következett be az első Covid-haláleset, aznap ketten hunytak el. Április 5-én aztán még egy beteg, április 6-án pedig négy személy halt meg koronavírus-fertőzés miatt. A bajok itt kezdődtek.  A kórház egyik dolgozója a jelentést csak április 8-án 12 óra 42 perckor küldte el az illetékeseknek, s mivel látta, hogy az április 6-i jelentésből egy elhunyt kimaradt, így 13 óra 26 perckor a hiányzó adatot még korrigálta. Ez volt a hiba, ami miatt azonnali hatállyal menesztették dr. Csernavölgyit, de mint a perben bebizonyosodott, az indoklásnál hibáztak, így vitán felül állt, hogy a jogszerűtlen ez az eljárás ellene. Kásler miniszter, illetve a minisztérium pedig olyan nyilatkozatokat tett, amelyek arra utaltak, hogy az adatszolgáltatáson kívül is hibázott a főigazgató.  

A munkaügyi bírósági eljárásban előcitálták Kásler Miklósnak ezt a nyilatkozatát: „Nemcsak ez (az adatszolgáltatás csúszása – a szerk.) volt a gond, hanem hogy egyszerűen nem követték az utasításokat, és kialakult egy fertőző góc a kórházon belül. Az orvosigazgató a legújabb hír szerint magára vállalta a hibákat, de a felelősséget egy személyben a kórház főigazgatója viseli. Az ő feladata a hibák megelőzése, észlelése és azok megszüntetése.” 

Csernavölgyinek fontos volt ez a per, nagyon is. A másodfokú tárgyalásra is eljött, s azt mondta: „Ez az ügy nem a pénzről szól. Az igazságomat keresem, tartozom ezzel a családomnak, a barátaimnak, s azoknak a volt kollégáimnak, akik ott álltak, amikor el kellett hagynom a kórházat.” Távozásakor sorfalat álltak neki a kórház munkatársai. „Reggel még gyógyítottam, este már kikerültem az utcára.”  

A főigazgató hamis állításnak minősítette a minisztériumi közleményt és a miniszteri nyilatkozatot is, ráadásul – mondta szintén a tárgyalóteremben – ezt követően mindent megtettek, hogy szakhatósági vizsgálatokkal alá tudják támasztani ezeket az igaztalan állításokat. Vizsgálatot zúdítottak a kórházra, érdeklődtek a kollégái és a barátai körében róla, ráadásul még meg is fenyegették, hogy ha nem áll el a keresetétől, további eljárást indítanak a környezete ellen. Az orvos állítja, semmit nem találtak a szakhatóságok, ami alátámasztotta volna a szakmai hiányosságokat. Végül köszönetet mondott az egykori kollégáinak.  

Csernavölgyi doktor most Budapesten a magánegészségügyben dolgozik, az állami szférában nem tudott elhelyezkedni. Napi 150 kilométert ingázik, angolul tanul, reggel indul, este ér haza. A bíróság jogerősen is megítélte neki a 24 millió forintot „távolléti díj” címén, s emellett még 4 millió forint sérelemdíjat is. A miniszteri-minisztériumi nyilatkozatok ugyanis alkalmasak voltak dr. Csernavölgyi István jó hírnevének megsértésére, s emellett is hátrányok érik. A kórházi kollektívát soha nem felejti, mert nem ők tették ezt vele – mondta a két éve húzódó ügye lezárása előtt.